La cérémonie de tirage au sort a eu lieu jeudi 18 juillet 2019 au Caire en marge de la 32e édition de la CAN Egypte 2019.

Au terme des six journées des éliminatoires, les deux premières sélections des douze groupes se qualifieront pour la phase finale de la CAN 2021 prévue au Cameroun.
 
Voici les groupes des éliminatoires de la CAN 2021:

- Groupe A: Mali, Guinée, Namibie, Liberia ou Tchad.

- Groupe B: Burkina Faso, Ouganda, Malawi, Soudan du Sud ou Seychelles.

- Groupe C: Ghana, Afrique du sud, Soudan, Île Maurice ou São Tomé et Principe.

- Groupe D: RDC, Gabon, Angola, Djibouti ou Gambie.

- Groupe E: Maroc, Mauritanie, République Centrafricaine, Burundi.

- Groupe F: Cameroun, Cap Vert, Mozambique, Rwanda.

- Groupe G: Egypte, Kenya, Togo, Comores.

- Groupe H: Algérie, Zambie, Zimbabwe, Botswana.

- Groupe I: Sénégal, Congo, Guinée-Bissau, ESwatini.

- Groupe J: Tunisie, Libye, Tanzanie, Guinée Equatoriale.

- Groupe K: Côte d’Ivoire, Niger, Madagascar, Ethiopie.

- Groupe L: Nigeria, Bénin, Sierra Leone, Lesotho.

Selon le tirage au sort, les huit équipes les moins bien classées, en l'occurrence le Liberia, Maurice, la Gambie, le Soudan du sud, le Tchad, Sao Tomé-et-Principe, les Seychelles et Djibouti joueront un tour préliminaire. Ces huit nations vont s’affronter sur le format d’une double confrontation aller-retour les 7 et 15 octobre.

Voici les matchs du tour préliminaire:

- Liberia - Tchad

- Soudan du sud - Seychelles

- Maurice - Sao Tomé-et-Principe

- Djibouti - Gambie