Covid-19 : Suivez la vitesse de propagation du virus en temps réel (modèle US)

MISE A JOUR. Médias24 met en ligne ce modèle permettant de suivre l'évolution de la vitesse de propagation du Covid-19 au Maroc. Cet outil sera mis à jour quotidiennement, dès que les nouvelles données officielles seront publiées. 

Covid-19 : Suivez la vitesse de propagation du virus en temps réel (modèle US)

Le 21 avril 2020 à 16:05

Modifié le 26 mai 2020 à 18:21

Quand le Rt dépasse 1, cela veut dire que chaque personne atteinte du virus contamine plus d'une autre personne. 

Médias24 met également en ligne le modèle marocain du Pr Radouane Yafia qui est également mis à jour régulièrement.

La largeur de la bande d'incertitude montre bien que ces chiffres sont approximatifs en raison du nombre de cas assez faible pour ce modèle épidémiologique américain. Il ne vaut pas s'attacher au taux moyen mais à l'extrémité supérieure de la bande.

Voici également le taux de reproduction dans les régions, calculé selon le même modèle et mis à jour automatiquement dès que le bilan quotidien de 16H est annoncé:

Taux de Reproduction en temps réel. Survolez avec la souris pour afficher les régions et les chiffres.

Voici un graphique représentant les cas quotidiens au Maroc, l'auteur a ajouté un filtre gaussien (bleu), car la déclaration des cas est en dents de scie.

Voici les valeurs probables de 𝑅𝑡 et de l'intervalle de densité le plus élevé (HDI => Highest density interval) pour le Maroc.

La qualité finale du résultat dépend évidemment de la qualité des données, qui elle-même dépend du nombre de tests par jour. Une marge d'erreur est prévue dans le graphe: Rt est inscrit dans un intervalle (bande grise). Cette bande est très large au Maroc.

Ce graphique montre l'évolution des valeurs des deux extrémités de l'intervalle (low_90 et High_90) ainsi que la valeur la plus probable de Rt (ml => most likely).

 Un modèle américain adapté pour le Maroc

A l'origine, une initiative de Kevin Systrom et Mike Krieger, fondateurs d'Instagram. Ils ont lancé Rt.live, un outil de suivi permanent de la vitesse de propagation du COVID-19 dans chaque Etat américain.

Le but de l'auteur du programme est de calculer le 𝑅𝑡, qui représente le nombre de personnes infectées par une personne malade à l'instant t. Lorsque le 𝑅𝑡 >1, la pandémie se propage à travers une grande partie de la population. Si 𝑅𝑡 <1, la pandémie ralentira rapidement avant de s'éteindre. 𝑅𝑡=3 signifie que chaque personne malade en moyenne contaminera trois autres personnes.

Différents événements peuvent faire baisser le taux Rt : réduction par exemple des rassemblements, distanciation sociale, mesures d'hygiène généralisées, confinement plus ou moins strict... Connaître la valeur de 𝑅 à chaque instant t est essentiel pour avoir une idée sur l'évolution de la propagation et pour mesurer l'efficacité des restrictions mises en place et envisager éventuellement de les assouplir ou de les durcir.

Au Maroc, plusieurs scientifiques évaluent le R0 marocain (le 𝑅𝑡 du départ) entre 2,5 et 3.

Kevin Systrom et Mike Krieger, les deux concepteurs du site Rt.live ont pris l'initiative de publier le code source sur GitHub et d'inviter ceux qui le souhaitent à l'utiliser.

C'est ce qu'a fait Médias24. Ce modèle est construit à travers une estimation bayésienne en temps réel du potentiel épidémique des maladies infectieuses émergentes.

La propagation d'une épidémie comme celle du Covid-19 dépend de nombreux paramètres intangibles, immatériels ou difficiles à mesurer. La prédiction de l'évolution d'une maladie contagieuse est impossible. Il n'y a que des modèles qui dépendent de différents paramètres. L'idée ici consiste à suivre les chiffres des nouvelles contaminations et à actualiser le taux Rt à chaque nouvelle mesure.

Nous avons exécuté ce programme en utilisant les données marocaines, voici le résultat.

Médias24 mettra ces graphes à jour, à 18H chaque après-midi (à 16H pendant le mois de Ramadan).

L'adaptation du modèle aux données marocaines a été effectuée par Mouad Wahnou, développeur (Médias24).

Covid-19 : Suivez la vitesse de propagation du virus en temps réel (modèle US)

Le 26 mai 2020 à18:20

Modifié le 26 mai 2020 à 18:21

MISE A JOUR. Médias24 met en ligne ce modèle permettant de suivre l'évolution de la vitesse de propagation du Covid-19 au Maroc. Cet outil sera mis à jour quotidiennement, dès que les nouvelles données officielles seront publiées. 

Quand le Rt dépasse 1, cela veut dire que chaque personne atteinte du virus contamine plus d'une autre personne. 

Médias24 met également en ligne le modèle marocain du Pr Radouane Yafia qui est également mis à jour régulièrement.

La largeur de la bande d'incertitude montre bien que ces chiffres sont approximatifs en raison du nombre de cas assez faible pour ce modèle épidémiologique américain. Il ne vaut pas s'attacher au taux moyen mais à l'extrémité supérieure de la bande.

Voici également le taux de reproduction dans les régions, calculé selon le même modèle et mis à jour automatiquement dès que le bilan quotidien de 16H est annoncé:

Taux de Reproduction en temps réel. Survolez avec la souris pour afficher les régions et les chiffres.

Voici un graphique représentant les cas quotidiens au Maroc, l'auteur a ajouté un filtre gaussien (bleu), car la déclaration des cas est en dents de scie.

Voici les valeurs probables de 𝑅𝑡 et de l'intervalle de densité le plus élevé (HDI => Highest density interval) pour le Maroc.

La qualité finale du résultat dépend évidemment de la qualité des données, qui elle-même dépend du nombre de tests par jour. Une marge d'erreur est prévue dans le graphe: Rt est inscrit dans un intervalle (bande grise). Cette bande est très large au Maroc.

Ce graphique montre l'évolution des valeurs des deux extrémités de l'intervalle (low_90 et High_90) ainsi que la valeur la plus probable de Rt (ml => most likely).

 Un modèle américain adapté pour le Maroc

A l'origine, une initiative de Kevin Systrom et Mike Krieger, fondateurs d'Instagram. Ils ont lancé Rt.live, un outil de suivi permanent de la vitesse de propagation du COVID-19 dans chaque Etat américain.

Le but de l'auteur du programme est de calculer le 𝑅𝑡, qui représente le nombre de personnes infectées par une personne malade à l'instant t. Lorsque le 𝑅𝑡 >1, la pandémie se propage à travers une grande partie de la population. Si 𝑅𝑡 <1, la pandémie ralentira rapidement avant de s'éteindre. 𝑅𝑡=3 signifie que chaque personne malade en moyenne contaminera trois autres personnes.

Différents événements peuvent faire baisser le taux Rt : réduction par exemple des rassemblements, distanciation sociale, mesures d'hygiène généralisées, confinement plus ou moins strict... Connaître la valeur de 𝑅 à chaque instant t est essentiel pour avoir une idée sur l'évolution de la propagation et pour mesurer l'efficacité des restrictions mises en place et envisager éventuellement de les assouplir ou de les durcir.

Au Maroc, plusieurs scientifiques évaluent le R0 marocain (le 𝑅𝑡 du départ) entre 2,5 et 3.

Kevin Systrom et Mike Krieger, les deux concepteurs du site Rt.live ont pris l'initiative de publier le code source sur GitHub et d'inviter ceux qui le souhaitent à l'utiliser.

C'est ce qu'a fait Médias24. Ce modèle est construit à travers une estimation bayésienne en temps réel du potentiel épidémique des maladies infectieuses émergentes.

La propagation d'une épidémie comme celle du Covid-19 dépend de nombreux paramètres intangibles, immatériels ou difficiles à mesurer. La prédiction de l'évolution d'une maladie contagieuse est impossible. Il n'y a que des modèles qui dépendent de différents paramètres. L'idée ici consiste à suivre les chiffres des nouvelles contaminations et à actualiser le taux Rt à chaque nouvelle mesure.

Nous avons exécuté ce programme en utilisant les données marocaines, voici le résultat.

Médias24 mettra ces graphes à jour, à 18H chaque après-midi (à 16H pendant le mois de Ramadan).

L'adaptation du modèle aux données marocaines a été effectuée par Mouad Wahnou, développeur (Médias24).

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