Tous foyers /cas groupés identifiés doivent faire l’objet d’une investigation parallèlement à la mise en œuvre des mesures de riposte et ce, afin d’arrêter la propagation de l’épidémie et de prévenir l’apparition de foyers similaires.

Cette investigation doit permettre d'estimer l’ampleur du foyer épidémique, d'identifier son origine et de déterminer les facteurs associés à son éclosion.

Dans une note de cadrage, adressée le 6 juillet au Conseil national de l'ordre des médecins, le ministère de la Santé présente les orientations pour structurer la démarche d'investigation dans un foyer épidémique de Covid-19.  

Il s'agit d'un processus complexe et lourd en termes de réalisation, qui se fait sur quatre étapes, la première étant "l'alerte initiale", selon le document. 

Dans cette première phase, un ensemble de paramètres sont pris en considération, notamment le nombre de cas, le lieu et la date de contamination, ainsi que la nature de l’événement (cluster découvert lors du dépistage, cluster découvert lors de l’investigation des cas contacts ou cas groupés répondant à la définition de cas en vigueur).

La deuxième étape de ce processus est "la poursuite de l'investigation". Elle consiste à:

- La recherche active des cas parmi les contacts ou les personnes dans une situation similaire, en priorisant les contacts des cas symptomatiques et des contacts hors épicentre du foyer. Cette recherche doit être menée en urgence par plusieurs équipes, et nécessite des prélèvements sur place, avec l'organisation de l'isolement en parallèle;

- La collecte des données d’investigation manquantes et leur vérification, notamment pour les premiers cas. Les professionnels de la santé doivent également connaître si les mesures collectives de distanciation physique et d’hygiène sont respectées sur place, ainsi que les interconnexions avec d'autres populations et facteurs en commun (par exemple: un chauffeur ou des lieux de restauration);

- L'organisation du dispositif de prise en charge des cas. Pour ce faire, les équipes médicales doivent déterminer les critères d’admission à l’hôpital ou au niveau d’autres structures non conventionnelles. Des membres de renfort doivent être constitués en cas de besoin, et les équipements essentiels, y compris ceux nécessaires à la réalisation des bilans pré-thérapeutiques, doivent être fournis par l'hôpital. 

- Le recueil d'autres éléments complémentaires importants lors de l’investigation, tels que :

• La cartographie de la situation épidémiologique: nombre de foyers avec leurs tailles et leurs situations géographiques, interaction entre les différents foyers (transport, restauration, et lieu de travail…), et date d’apparition des foyers.
• Les données à collecter en milieu professionnel: effectif du personnel, existence et respect des mesures d’hygiène, des barrières et des mesures de distanciation physique, existence d’une chaine de production à l’intérieur de la structure industrielle et avec d’autres structures industrielles, transport de personnel propre ou en commun avec d’autres structures, et existence d’un système de contrôle du respect des mesures d'hygiène. 
• Concernant les employés : mobilité entre plusieurs structures, mobilité des employés locale, régionale et nationale, et conditions d’hébergement.
• A domicile : nombre des membres de famille.
• Transport : type de transport (public, privé), densité et respect des mesures d'hygiène en cas de transport du personnel.

La troisième étape est "la description du foyer épidémique", en se basant sur le nombre de cas total, nombre de cas graves, nombre de décès, taux d’attaque spécifique par unité industrielle et agglomération d’habitat, date d’apparition du 1er cas présumé, répartition des cas par âge, par sexe et par catégories professionnelles, répartition par type de symptomatologie (symptomatique et asymptomatiques), répartition géographique des cas (localité, site professionnel), et nombre, nature et répartition géographique des foyers secondaires.

Enfin, l'analyse des données à travers l'investigation doit permettre de générer des hypothèses relatives à l’origine du foyer épidémique et aux facteurs associés à son éclosion (facteurs comportementaux, ou environnementaux...).

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